社員が立て替えている個人利用分や、社員の毎月の交通費の消費税はどのように計上すればよいか

交通費の消費税は、今までと同様に計上します。

なお、3万円未満の場合は、適格請求書（インボイス）を保存する必要はありません。
その代わり、適格請求書の保存だけで仕入税額控除が認められる取引であることを、仕訳伝票に記載する必要があります。
詳細は、こちらをご参照ください。