免税事業者等との取引で仕入税額控除できない消費税額について、本体価格に上乗せする運用をしているが、一部の科目だけは上乗せしないようにできるか

免税事業者等との取引で仕入税額控除できない消費税額について、［導入処理 ‐ 会計期間設定 ‐ 会計期間設定］メニューで、仕訳起票時に「本体価格に上乗せする」か「本体価格に上乗せしない」かを設定できるようになっています。
しかし、勘定科目によって、仕訳起票時の動作を切り替えることはできません。

入力時の設定は1つになりますが、本体金額に上乗せする勘定科目と上乗せしない勘定科目が混在していても、問題ありません。

例えば、他システムで登録している材料費や外注費などについては粗利に影響させたくない、といった理由がある場合は、本体価格に上乗せしないまま、当製品に仕訳伝票を受け入れても問題ありません。
消費税申告書についても、本体価格に上乗せする／しないにかかわらず、税込金額をもとに経過措置の控除割合を適用した消費税額を自動で計算するため、問題ありません。