紙と電子の請求書が混在しますが、すべてを電子データで管理できますか

できます。
「紙」で受領した請求書や注文書などは、スキャンして電子データにしてから伝票に添付します。
メールなどで「電子」で受領した請求書や注文書などは、そのまま伝票に添付します。

詳細は、以下のリンク先（●）をご参照ください。

なお、電子データの管理には『証憑保管オプション for 奉行シリーズ』が必要です。