仕訳伝票を登録後に、請求書や領収証のファイルを「追加」または「差し替え」をすると変更履歴に残りますか

はい。『勘定奉行』では、仕訳伝票に証憑ファイルを添付して登録後に、ファイルの追加や差し替え・削除をした場合も、記録は残ります。
［仕訳処理 ‐ 証憑処理 ‐ 証憑検査］メニューで、訂正・削除した証憑の履歴を確認できます。
証憑の付け替えや、削除伝票に関連付いた証憑ファイルも管理されています。