市区町村に給与支払報告書を提出した場合に、税務署から問い合わせがくることはありますか

あります。
みなし提出によって提出方法は簡略化されますが、税務署への提出義務そのものがなくなるわけではありません。
そのため、記載内容の確認などにより、税務署から問い合わせがくる場合があります。