源泉徴収票のみなし提出の特例を適用するために必要な設定を知りたい

必要な設定はありません。
［導入処理 ‐ 運用設定 ‐ 法定調書設定］メニューの「みなし提出の特例」は、初期値として「1：適用する」が設定されています。