雑損失への計上はどのように起票すればよいか

雑損失の計上は、自動で起票はできません。
他の仕入税額控除が受けられない消費税額もあわせて、「雑損失」に振リ替えの仕訳伝票を起票するのが一般的です。
具体的な仕訳例は、こちらをご参照ください。