合計所得金額の見積額が48万円以下のため、他の所得者に扶養されているパートなどの短時間労働者の月次減税はどのように処理しますか

当製品で特別な設定をする必要はありません。

年間の給与収入が103万円以下（合計所得金額の見積額が48万円以下）の場合で、他の所得者に扶養されているパートなどの短時間労働者であっても、たまたま繁忙期で所得税が生じる場合は、月次減税額を控除することになっています。
また、本人と配偶者の扶養として月次減税額が2重に控除されることになりますが、年末調整の際に合計所得金額が48万円以下の場合は年調減税額は0円になるため、最終的に2重に控除されることはありません。