7月以降に配偶者や扶養親族の合計所得金額の見積額が48万円を超えることが分かった時点で、月次減税の対象から外せますか

途中から月次減税の対象から外すことはできません。最初の月次減税事務（6月の給与処理）の社員情報をもとに算出した月次減税額をもって、控除を行うこととされています。
したがって、配偶者や扶養親族の人数が6月と7月以降とでは異なる場合でも、月次減税額は変更されません。
こうした人数の異動により生ずる定額減税の差額は、年末調整により精算されることになります。