配偶者の扶養に入っており、年間の給与収入が 103 万円以下（合計所得金額が 48 万円以下）で働いている社員は、どのように年調減税を行いますか

例年と同様に、年末調整を行ってください。

源泉徴収票の摘要欄に「源泉徴収時所得税減税控除済額　0円　控除外額　30,000円」と出力されますが、扶養に入っている社員自身の定額減税としてではなく、扶養している配偶者（居住者）の定額減税の計算において加味されます。