正しく適用されます。
年末調整の改正内容が適用されるかは、令和 7年12月 1日以後に給与等の支払いがあるかで判定されます。
12月の給与（賞与）データを登録する前に年末調整処理を先行入力した場合は、必ず「改正後」の内容で計算されます。
その後、12月の給与（賞与）データを登録し、年末調整を計算する際に、令和 7年12月 1日以後に給与等の支払いがあるかをもとに、自動で「改正前」か「改正後」かを判定して計算されます。
したがって、年末調整処理を先行入力した場合も、支払状況に応じて年末調整は正しく計算されます。