通勤で自動車などの交通用具を使用している従業員は、全員が「令和 7年　通勤手当に係る所得税の非課税限度額の改正」の対象ですか

全員が対象ではありません。

非課税限度額は、片道距離に応じた区分ごとに設定されています。
今回の改正では、片道距離が 10 km以上の区分で非課税限度額が引き上げられますが、10 km未満の区分の金額に変更はありません。
そのため、改正の影響を受けるのは、片道距離が 10 km以上で、課税の通勤手当を受け取っている従業員です。