［通勤手当非課税調整額計算］画面の「非課税となる通勤手当」はCSVファイルで受け入れできますか

受け入れできません。

あらかじめ、ご自身で差額を計算している場合は、その結果と［給料等調整入力］メニューの［通勤手当非課税調整額計算］画面で集計される「非課税となる通勤手当」の金額を照合し、一致しているかをご確認ください。
一致している場合は、差額計算を実行します。

ただし、自動計算できないケースもあるため、一致しない社員がいる場合は、ご自身で計算した結果を「非課税となる通勤手当」に入力し、差額計算を実行してください。