「通勤手当非課税調整額計算」を実行する際、すでに［給料等調整入力］メニューの「給料・手当等」の課税支給額に金額が登録されている場合は、どうすればよいですか

「給料・手当等」に登録されている課税支給額を修正する必要はありません。

「通勤手当非課税調整額計算」で集計された「非課税となる通勤手当」は、［年末調整 - 給料等調整入力 - 給料等調整入力］メニューの「給料・手当等」の非課税額に反映します。
すでに課税支給額に金額が登録されている場合は、「非課税となる通勤手当」を加味して、課税支給額が自動計算されます（「通勤手当非課税調整額計算」を実行した後の課税支給額は、「非課税となる通勤手当」を差し引いた金額となります）。