通勤手当の支給額に計算式を設定している場合でも、駐車場手当は社員情報登録の「通勤手当３」の「支給額（駐車場等）」に入力する必要がありますか

入力する必要があります。
［社員情報登録］メニューの［住民税・通勤手当］ページで通勤手当の支給額を入力しておらず、［導入処理 - 給与体系登録 - 計算式登録］メニューで計算式を設定している場合も、駐車場手当は「通勤手当３」の「支給額（駐車場等）」に入力してください。

入力することで、［給与賞与 - 給与処理 - 給与処理］メニューで計算される通勤手当の非課税限度額が、「通勤手当３」の片道距離に応じた非課税限度額に、駐車場代相当額（上限：月 5,000 円）を加算した金額になります。